يعتبر قسم العقاقير من الأقسام الأساسية والمتفردة في كلية الصيدلة حيث انه لا يوجد في الكليات العلمية الأخرى. ويختص القسم بتدريس المقررات التي تهتم بدراسة النباتات وتصنيفها وتعرف على أجزاءها ،وكذلك التعرف على مكوناتها الفعالة بيولوجياً وطرق استخلاصها وتنقيتها. كما يقوم بتدريس الأدوية المستخلصة من المصادر الطبيعية مثل النباتات، الحيوانات، الكائنات الدقيقة وغيرها.